当时成立了六股旗军。以北平军成立汉旗；以女真人成立绿旗；以朝鲜成立红旗；以兀良哈所部的朵颜三卫成立白旗；以鞑靼部成立蓝旗；以哈里所部成立紫旗。
各部互不相通，以军服颜色区分，其中汉旗使用黄色，其他根据各部以此类推，推进到帖木儿帝国的地盘上时，由于队伍慢慢的壮大，所以每旗再互分正副两旗，成就了现在的十二旗的规模。
要按照势力，当然是哈里所统领的紫旗数量最为强大，紫旗正副旗人数已经达到了四十万于众，后来按照比例，每千人之中要有一个汉旗军的存在，朱棣分别向各旗派遣监军队伍，与十二旗相互约定，监军队伍利益高于一切，只负责督战之用，不能被派往前线，不能身先士卒，也不能无辜被杀。监军队伍士卒死一人，斩杀所属旗军的指挥一人，如果是军官无缘无故的死去，那就要斩杀旗主之子作为补偿。
以此为代价，朱棣答应各旗军，监军不会干涉旗内事务，不会干涉旗内军务等等，属于一个透明似得存在。
就是这样，初建时兵民合一，全民皆兵，凡各族成员皆隶于十二旗之下。旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。十二旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备。
成立旗军之后，语言不通所造成的困惑少了很多，而且开始入旗很容易，单凭旗主呈报就行，但是到了帖木儿帝国在朱棣的掌握之后，入旗的制度越来越严。
最后就连旗主也不想自己旗下的子民多起来，因为朱棣恢复了奴隶制度，但凡旗内兵卒子民，皆可拥有战利品作为奴隶，支撑自己的家庭生计。由此一来，奴隶数量慢慢的增加，导致了旗军的相对数量稳定。
这正是朱棣一直能保持汉军实力的依仗之一。另外一个倚仗是，汉军旗的装备和武器皆有大明国内供应，但凡兵员大幅减少的情况出现，国内就会让朱棣派人回去自行招募自愿者参加到他的汉旗军当中，稳定住了数量。武器的存在就是一个可以震慑各部的法宝。
汉军旗的武器都是火器，虽然不排除是国内武器中的淘汰品，但在手握弯刀的异族人面前，八连发的霰弹枪和后置弹药的火炮还是他们的梦魇。再加上他们语言不通，忠诚度不同，各旗不相往来的牵制，朱棣又是有计划的削减或者增大各旗的实力，让各旗不但没有缓和的余地，而且正、副两旗也有着开始分裂的迹象。
朱棣的目的达到了，但是却被这种制度吓了一跳，这也是他不想回去大明的原因，就算是有借口，他也不想回去。
第一，他不想和一个眼光如此长远的皇帝打仗；第二，他和皇帝还有别的协议；第三，他作为朱氏子孙总不能领着一群异族去攻打自己的国家。
最重要的是，如果是他还有野心想要回去的话，他一点战胜自己侄子的把握也没有，而且他已经不容于大明朝野，还不如在外面做一个逍遥王爷的好。
毕竟，征战沙场是他平生的夙愿，为此他已经在京师内幽居了十余年，他不想再浪费时间在那些事情上。
而且，他现在大明臣民的眼里是王爷的身份，其实在西北帖木儿的帝国范围之内，和皇帝没有什么区别。虽然日子过得可能没有北平或者南京舒适，但是上等人毕竟是上等人，再艰苦也艰苦不到他的身上来。朱棣没有感觉到生活有太大的变化，反而原来的疆土欲望在此时得到了发泄。
随着见到的商贾，还有来自更远西方的传教士的描述，朱棣知道，天下的疆土并不止于大明，有更广阔的天地等待着他去征伐，为此，他可以付出一生的所有。何必还要回去呢？
朱棣想在六十岁之前彻底占领奥斯曼帝国，极度的自信使他有着很深的底气，他去年之所以没有发动攻势，因为他要等待大明皇帝的回话，因为大明水师的探险队已经接近波斯湾，也探到了红色的海洋，所需要的就是摸清那里的地势、水势之后，大明水师能和他一起两面夹攻奥斯曼帝国，以盼望一战功成。
而且，穆拉德二世的父亲穆罕默德一世曾经派遣舰队驱逐了爱琴海岛屿上的威尼斯人，下令在多瑙河以北构筑要塞，想要进攻匈牙利。后来穆罕默德因其舰队在格利博卢附近海域为威尼斯人所败而被迫与其和谈。
为此也丧失了大部分的水上力量，大明军队与威尼斯之前一直在处于谈判期间，也就是进入地中海后的权力分配问题，狡猾的威尼斯人看到了火器的力量，虽然火药的用处在欧洲国家已经开始研究，但怎么能赶得上大明的发展步伐，他们一直不同意大明水师进入地中海，如果想要进入，必须以火器的制造技术作为交换。
可怜朱允炆脑袋里面的军火知识，也知道只要向欧洲人开放这个技术，那么以欧洲人的狂热，他不敢想象后果会是怎么样，而且在另一个时空，一直到朱允炆穿越回大明之前，欧美国家对中国的武器禁运还没有放松，到了这个关口，怎么能让那些欧洲人得逞呢。
朱允炆断然回绝了这个要求，对负责和谈的使臣说及的底限就是有条件的买卖，不是最后万不得已，这个条件也要适当的禁止，为此，朱允炆害怕那些老夫子忍受不了那种讨价还价的痛苦，所以专门派了永嘉学派的人去，并下了严旨。
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