皇帝马上脸色都变了，他又问玘太璞：“照这样说的话，朕应该要受到报应了？”玘太璞赶紧磕头说：“皇帝陛下您是天生圣人，是天下黎民百姓的主宰，哪能同普通人一个样呢？”皇帝听后，脸上马上多云转晴，并好奇地问道：“你这样的说法又出自藏经的哪一卷？”玘太璞说：“出自藏经第几卷。”皇帝朱元璋不信，赶紧叫人去取藏经来查看，结果发现果然如此。于是他龙颜大悦，召集大臣，对他们说：“诸位大臣你们虽然各自都很有才，但不如这个和尚忠诚啊。”
玘太璞后来临终前沐浴更衣，来到明皇宫向皇帝朱元璋道别，刚好那天朱元璋有事外出，两人没碰着，玘太璞只好对着皇帝的御座叩首说道：“臣跟皇帝您有生缘而无死缘。”拜完了，他站起来，回去了。后来皇帝朱元璋听人说起了事情的整个经过和玘太璞说过的话，他马上断定：“嗨，玘太璞已经死了。”于是赶紧派人到玘太璞的住处，发现那和尚果然死了。朱元璋就叫人前去祭祀玘太璞，而且动用了他从不轻易使用的驿路将和尚玘太璞送回了他的故乡。
尽管母亲说这个故事的时候十分虔诚，但是朱允炆当初并不相信。觉得母亲说的太神了，哪有这么巧合的事情。这个故事不算，但有一个不争的事实是，老朱对佛教的迷恋似乎随着年纪的老去而越来越重，也许正是他对因果报应的恐惧，也许是他到了晚年之际对自己一生滥杀的内心反思而引发的心灵彷徨，也许是他想弥补一生的缺憾。
因为朱允炆知道，虽说朱元璋力主以儒治国，但实际上朱元璋是“杂家”，口头唱的是儒家的曲子，手里拿了法家的刑具，魂系在佛家因果报应的循环圈里。没有多少宗教观念，只是他毕竟投身过佛门，对其教义要熟悉多而已，朱元璋什么都不相信，就相信自己而已。
经过月余的内厂多方调查与论证，由于那时洪武年间先帝对佛教青睐有加，而朱允炆也未曾注意过这些，佛道在洪武的最后那么多年有了迅猛发展，它们广占田地，不向朝廷缴纳赋税，这在无形之中加重了百姓的负担，最为严重的是洪武晚年的江南地区，许多腴沃之地被僧院道观所占有，个别寺院甚至田连阡陌，横跨数十里。
不由有些惭愧，这几年，注意力一直放在北方，竟然没有注意到江南的鱼米之乡出现了这么大的一个蛀虫，佛教这东西，朱允炆认为，只能做一个娱乐性的东西消遣，是绝对不能痴迷的，对于道衍的顾忌，他曾经下过类似限制佛教发展的旨意，不过那是在监国期间，出于朱元璋的意思，自己的旨意很快的被掩埋在老朱的威风中，现在看来是要管一管这些不事生产的神棍了。
这是杨杰所派遣的鸿胪寺官员和日本使节的谈判也即将结束，得到皇帝暗示，杨杰只是让鸿胪寺官员陪着祖珂和肥富等人瞎扯一通，以此来限制他们的活动范围，以方便朱允炆调查，现在调查基本完毕，当然也不用再浪费时间了。
皇帝下诏，鉴于日本国王足利义满的诚意，朝廷基本同意日本提出的贸易请求，但是海上盗匪、倭寇盛行，为了不影响双边贸易，大家要互相清剿海匪，对于日本，大明曾经做过详细调查，知道倭寇基本都是由日本九州大内氏所主导的，现在时局不稳，商议之条件暂时搁置，大明清剿海匪，而希望日本国王再表示诚意，彻底剿灭大内氏，为双方贸易打下基础为盼。
也就是告诉日本，你什么时间把大内氏灭了，咱们贸易什么时间开始，同时，又由锦衣卫指挥使齐泰单独接见肥富，把日本大内氏袭击大明水师所造成的伤亡以及证据复制了一份让他带回本土，表示了大明对于此事的愤怒，并隐约暗示，如果日本没有能力，大明将纠集水师，亲自报仇。
没有想到谈了月余是这个结果，肥富对于坏了日本贸易大事的大内氏窃骂不已，眼看着已经谈拢的协议只能放在那里看着，心里充满遗憾，但是皇帝既然定性，他也没有办法。只好回国之后，继续鼓动足利义满加大对大内氏的打击，争取和明朝的贸易能够成功。
建文三年岁末，朱允炆不顾群臣的反对，下诏规定：天下寺院道观，每僧道一人各存田五亩，免其租税，以供香火费，余田入官，均给平民，并且严令全国臣民，禁止私自剃度为僧尼，限制佛道势力的发展。
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